魏源面对封建衰世也猛然惊醒，他痛心疾首地批评清朝统治阶级的腐败无能，指斥那些“窭陋之臣”的封建官僚和“腐儒鄙夫”的士人，“除富贵而外，不知国计民生为何事；除私党而外，不知人才为何物；所陈诸上者，无非肤琐不急之谈，粉饰润色之事，以宴安鸠毒为培元气，以养痈贻患为守旧章；以缄默固宠为保明哲。”魏源也把批评的锋芒指向封建君主，他称“人主被其熏陶渐摩，亦潜化于瘘痹不仁而莫之觉。岂知久之又久，无职不旷，无事不蛊。”他还进一步指出：“天子者，众所积而成，而侮慢人者，非侮慢天乎？人聚则强，人散则？，人静则昌，人讼则荒，人背则亡。故天子自视为众人中之一人，斯视天下为天下（人）之天下。”虽然魏源把君主的过错归结为受官吏的影响，不及龚自珍那样直接、深刻，但对君主指责的本身就是对君主神圣不可侵犯观念的挑战。
魏源的忧患危机意识也非常强烈，他感到清朝所面临的危机十分严重，远远超过了明代。他指出：清中叶以来，“黄河无事，岁修数百万，有事塞决千百万，无一岁不虞河患，无一岁不筹河费，此前代所无也；夷烟蔓宇内，货币漏海外，漕以此日敝，官民以此日困，此前所无也。士之穷而在下者，自科举则以声音诂训相高，达而在上者，翰林则以书艺工敏，部曹则以胥吏案例为才，举天下人才尽出于无用之一途，此前代无也。其他宗禄之繁，养兵之费，亦与前世相出入。”总而言之，清代所面临的危机比明代更险竣，明代未能走出这些危机而灭亡，因此清朝如不能探寻良策，解决危机，其结果是不言而喻的。
除龚、魏以外，其他一些具有忧患意识的士人也都感到危机的来临，他们面对危机忧心如焚，宁愿冒着冲撞封建权贵，遭受迫害的风险，也要大声疾呼。他们“以经术作政治，慷慨论天下事，”希望能引起统治者的重视，唤起更多的人从梦中惊醒。
正当他们为内患担忧的时候，中国又面临空前未有的外患，以英国为首的资本主义国家对中国展开了侵略。内外危机相互影响，相互刺激，使中国封建社会开始瓦解，中华民族面临生死存亡的危险。鸦片战争前，中国进步知识分子忧患意识的焦点从内忧转到外患上。
早在鸦片战争前十几年，部分卓有见识的士人已感到外国资本主义对中国的潜在威胁。如包世臣较早地洞察到英国对华的侵略企图，指出中国将面临严重的外部危机，其患之烈，不会在明朝倭祸之下。他呼吁应及早采取防御措施，虽然“目前无事，正可苟安，一官如传舍？”可是，一旦英国对中国进行侵略，“轻犯祸始，是则非世臣所敢知也。”“十数年后，虽求目前之苟安，而不可能，必以忧患贻君父。”龚自珍也在鸦片战争爆发前十余年就洞察到英国殖民者的侵华野心和阴谋，指出英人经商的目的就是为了侵略掠夺中国，一旦要求不能满足就可能发动军事侵略，因此国人应早做准备。同时他也注意到沙俄对我国北方领土的蚕食，及时加以揭露。并提出了移民西北，巩固塞防的建议。魏源也看到西方国家经商的背后往往伴之以武力掠夺，他揭露道：“盖四海之内，其帆樯无所不到，凡有土人之处，无不睥睨相度，思？削其精华。“凡商舶所至之国，视其守御不严者，辄以兵压其境，破其城，或降服为藩属，或夺踞为分国。”因此，对英国及其西方国家要保持高度警惕。
随着鸦片烟毒泛滥造成严重的民族危机，进步知识分子和爱国官绅的忧患意识更加强烈，他们纷纷建议严禁鸦片，并把鸦片之害与地主阶级的统治和国家民族的存亡联系在一起。黄爵滋指出：鸦片不仅使白银大量外流，造成清政府的财政金融危机，而且也对中国人身心造成严重危害，他称烟毒“蔓延中国，横披海内，槁入形骸，蛊人心志，丧人身家，实生民以来未有之大患，其祸烈于洪水猛兽。”包世臣指出：英人“三十年来，造作鸦片，以害中华，每岁取中华银不下四五千万。”陶澍则痛斥“鸦片以土易银，直可谓之谋财害命。”魏源也称“鸦片流毒，为中国三千年未有之祸。”林则徐比较全面地概括了进步士人对鸦片祸害的看法和对危机的分析，他写道：鸦片“流毒于天下，则为害甚巨，法当从严，若犹泄泄视之，是使数十年后，中原几无可以御敌之兵，且无可以充饷之银，兴思及此，能无股栗。”对鸦片流毒的担忧，不仅成为进步人士的共识，而且也在广大民众中产生反响，并触动了清朝统治者麻木的神经，使他们在一定程度上感到危机的来临，从而下决心严禁鸦片。
