除了李鸿章，几乎再找不出哪个能被淮军各部普遍接受的指挥官。即使是号称淮军第一名将的刘铭传"亦只自统所募铭军，并未兼辖别队",其他的将领就更不用提了。与太平军和捻军作战时，由于李鸿章常常亲自指挥作战，这个问题并没有显得很严重。但是，当李鸿章位高权重，必须留居中央统领全局，而不能亲临督战的时候,问题就大了。甲午战争时，淮军统领直隶提督叶志超奉旨总统朝鲜前敌诸军。他很清楚其他各军不会听自己的，于是再三请求让李鸿章的儿子李经方--一个毫无军事经验的外交官接替自己。这倒并不是叶志超一定要讨好李鸿章，而是他看到李经方身为李鸿章之子，或者能够使诸将服从其命，作为总统当尤胜于己。
李鸿章最终还是没有同意他的请求，叶志超只得勉强从命。结果在平壤之战中，诸将皆不遵调度，平壤清军总共虽有35营之多，但叶志超所能指挥得动的只有本部6营而已。再加上叶志超又不是一个称职的将领，如此作战，焉得不败？接替叶志超总统诸军的宋庆也遇到了同样的问题，甚至要更加严重，因为他本是毅军统领，属于湘军一支，连淮军嫡系都不是，诸将自然更加不服调遣。
最终导致自平壤溃后，九连城之战，凤凰城之战，大连湾之战，旅顺之战，威海之战淮军战无不溃，一败千里。另一个问题则是关于高级指挥员的培养。淮军各统领辖军不等，如以一般情况的8,9个营计，则相当于师的编制。如果是较大的军又或者是如叶志超那样总统诸军，则指挥的部队可达20-30个营甚至更多，就相当于军的编制。从营到师，军这样大的差距，中间竟然没有一个衔接的层次。就导致各军的统领只能从营官中选拔。
众所周知,作为分队的营和作为兵团的师军，对于其指挥员的要求是大为不同的.一个营官只需要在很狭小的战术范围内考虑问题，其职权内的军事活动常可以在极短的时间内完成，大概只要下一个决心就可以了。而统领却是需要统筹全局的大将，必须拥有控制整个战局，指挥大兵团作战的才能。作为联系这两者桥梁的部队一级的组织--团，在现代军队中是培养高级指挥员所不可缺少的环节。以苏俄为例，著名的军事统帅几乎都有长时间担任团长的经历，苏沃洛夫大元帅先后担任阿斯特拉罕团和苏兹达尔团团长达7年，其间写出了著名的"苏兹达尔团条令",奠定了他以后军事思想的基础，而华西列夫斯基元帅担任团长时间更长达十几年之久。
可见，苏联的军事学术将营及其以下编制称为分队,师及其以上编制称为兵团，而将团独立出来称为部队。并不是没有原因的。然而，遗憾的是，淮军中根本就没有团这个概念！其结果是，淮军中不少将领在担任营官时还曾经建立功绩的，一提升为统领立刻就显得不称职了，一遇大敌，往往一败涂地。淮军初建时主要将领另有来源，而且多经战阵历练,这个问题还不大。等到后期，老一代将领先后退下,一群当初的营官接替了他们的职位,素质就大为下降。尤其是所谓"同治中兴"时期，国家没有大的战事，营官们也不经战阵，往往是论资排辈式的选取统领，质量就尤其的差了.
甲午战争时，淮军的主要统领如叶志超，卫汝贵，刘盛休等人都是这样选出来的.而事实证明，他们都不具备担任高级指挥员的能力。整个战争中，淮军诸统领，除了聂士成一人之外，大都表现得十分庸懦无能，这与淮军的制度是有着密不可分的关系的。淮军之所以会采用这样的统领制，是有他的原因的。首先，这是旧式勇营的痕迹。清代前期，尤其是康熙中期以后，国家很少发生大的战乱，作为国家主要军事力量的绿营，其主要职能已经变成维持治安，充当杂役，偶尔镇压一下农民起义或者少数民族的暴动。
根本就用不着大兵团作战,因此采用了镇戍制，兵力极为分散.于是，我们就常常可以看到一旦发生战争,清朝就得从全国调兵，而每个省所调兵力往往仅有数百或千余人。这就造成了在清军中，根本就没有大编制的传统和经验。鸦片战争以后,尤其是太平天国起义爆发后，战争的规模较以前有了扩大。双方交战兵力常常可达数万以至数十万，但是，纸面上的数字并不能代表真实的情况。以太平军为例,虽然人数动辄数十万，但其中绝大多数是随从的饥民，属于乌合之众，真正的精锐并不多。史家一般认为陈玉成兵团的战斗力较李秀成兵团为强，但陈玉成兵团真正的战斗力也就仅仅是在于其几千，至多是万余"老兄弟"而已。
