东北
朱元璋置辽东都司经营辽东,后朱棣招抚女真部落,于永乐九年(1411年)设奴儿干都司,共辖130多个卫所。宣德十年(1435年)明宣宗撤回在奴儿干的流官驻军,不过之后女真仍奉明朝为主,至万历年间卫所增加至384个。晚明,后金崛起后逐渐取代了明朝对东北的统治,并进占辽东。
东北邻国高丽于元明之际大肆扩张领土,通过招谕、剿杀、驱赶女真部落,使本国疆域不断向北推进,1393年朱元璋内迁铁岭卫,默许取代高丽的李氏朝鲜占据鸭绿江以东、图们江以南的地区。
西北
明初于西北先后设有哈密、沙州[200]、安定、阿端、曲先、赤斤蒙古、罕东左等卫,明朝西北疆界抵达今新疆东部哈密。成化八年(1472年)哈密卫被吐鲁番攻陷,后于成化十八年(1482年)兴复。弘治年间三失三复,嘉靖七年(1528年)后嘉峪关以西皆为吐鲁番所据。