南京另有一套军职：
南京设守备1人,协同守备1人,参赞机务1人.守备,以公、侯、伯充任,兼领中军都督府事.协同守备,以侯、伯、都督充之,领五府事.参赞机务,以南京兵部尚书领之,其治所在中府,掌南都一切留守、防护之事.
南京五都督府为：左、右都督,都督同知,都督佥事,不全设.其掌印、佥书,皆以勋爵及三等都督充任.分掌南京卫所,以达于南京兵部.
南京卫指挥使司,王府护卫指挥使司：设官皆如北京卫司.
都指挥使司为明代地区军事总机构,长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品）,其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品）.断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目各1人.司狱司司狱（从九品）,仓库、草场、大使、副使各一人.行都指挥使司,设官与都指挥使司同.长官之中有一人统司事,称掌印,简称都司,位次在布、按两司之上.《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政,各率其卫所以隶于五府,而听于兵部.”
卫指挥使司设官与京卫同.外卫皆统于都司及行都司.卫以下为千户所,千户所又辖百户所.千户所有正千户1人（正五品）,副千户2人（从五品）,镇抚2人（从六品）.其属吏目1人.千户所辖百户所10个,共有百户10人（正六品）,总旗20人,小旗100人.刑狱则归镇抚掌管.凡卫所皆隶于都司,而都司又分隶于五军都督府.自卫所以下,其官兵多世袭,这是明代特殊制度之一.
都督府的都督名称后来变为空头的官阶,而统兵之官则须别加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名目.《明史·职官志五》：“总镇一方者为镇守,独镇一路者为分守,各守一城一堡者为守备,与主将同守一城者为协守.又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名.凡总兵、副总兵一职均须有公、侯、伯、都督爵衔者充任.其总兵挂印称将军者,云南曰征南将军,大同曰征西将军,湖广曰平蛮将军,两广曰征蛮将军……其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者,不得称将军挂印.宣德间,又设山西、陕西二总兵.嘉靖间,分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四,改设福建、保定副总兵为总兵,又添设浙江总兵.万历间,又在临洮、山海增设总兵.至明代末年,总兵官增置繁多,不可胜记.总兵在明代本为无品级之差委,至清代则为正二品的正规武职.
此外,还有军民府、土州、土县,其官员设置,与府、州、县制相同.
