士族田庄
在南方经济的发展中，南、北士族地主都采取田庄形式进行生产。其中北方士族南迁时，都带来大量部曲和佃客，唯一缺乏的是田地。因此，他们到处“求田问舍”，不择手段地谋取土地。如刁逵在京口一带掠夺土地达万顷。与此同时，南方士族地主也进一步扩张自己的经济力量。
士族地主在他们占领的平原和山泽上建立田庄，当时称为“墅”或“园”。如会稽士族孔灵符在永兴建墅，“周围三十三里，水陆地二百六十五顷，含带二山，又有果园九处”。谢灵运在始宁的墅有南北二山，山上有五个果园，沿水渠两岸有大批良田。
农业在士族田庄经济中占主导的地位。田庄中有大量的耕地，又有河湖水渠等水利灌溉系统。在耕地上种有稻、麦、粟、桑、麻、蔬菜等作物。仅次于农业的是园林业，经营竹木果树等。
此外，还有养鱼业和畜牧业，并从事纺织、酿造、制造生产工具等多种手工业生产。由于从事多种经营，使士族地主田庄具有自给自足的性质。
田庄里的生产者，主要是佃客、部曲和奴隶。士族地主对他们的剥削和压迫是残酷的。但它把大量劳动人手组织起来，在山区水滨进行垦植，特别是在东晋和南朝前期，士族地主还关心生产的时候，地主田庄对江南地区的开发是起一定的积极作用。以后，由于门阀土族日益腐朽，田庄也就成了束缚生产力发展的障碍。
手工行业
东晋南朝时期，纺织业比较发达，养蚕技术已经相当可观，豫章等地一年蚕四、五熟，永嘉等地一年八熟。丝、绵、绢、布等是南朝调税的主要项目，因此纺织是民间普遍的副业。其中荆、扬二州的纺织业尤为发达。
锦业在益州也早负盛名。刘裕灭后秦，把关中的织锦户迁到江南。南朝后期，织锦业也发达起来。富豪人家穿绣裙，着锦履，以彩帛作杂花，绫作服饰，锦作屏障。
南朝时，政府都设有专官管理矿冶。建康尚方有东、西二冶（宋、齐时有南冶，后废），州、郡有矿冶的设冶令。另外还有不少私家冶铺作坊。在冶铸技术上，用水排鼓风冶铸已在南朝应用。炼钢技术也有很大进步。那时还发明一种杂炼生铁和熟铁的灌钢法，即把生熟铁混杂起来冶炼，火候到时，生铁先熔化，渗淋入熟铁中，然后取出反复锻炼，就成为优质钢，用来制造宝剑和刀、镰。
到三国、西晋时，瓷器的烧制已经达到成熟阶段，东晋、南朝时又有新的发展。当时瓷器的代表性产品是一种通体青釉的青瓷，产地比较集中的是会稽郡（浙江绍兴）一带。青瓷胎质纯，硬度高，釉料匀，通体青莹，造型多样美观。考古发掘，江南许多地区的制瓷技术逐渐成名，并各有自己的特点。
造船业在东吴的基础上又有较大的发展。运输、作战用的舰船只很多，往来于东海、南海和内地河道的船只频繁，大者可载重二万斛。
造纸业有了新的发展。压光和染色是这一时期造纸技术的新成就。当时纸的名目很多，其中用藤皮造的藤角纸是一种质地优良的纸张。造纸业的发达对当时文化的发展起了积极的作用。
