英宗通过夺门之变重登宝座的当天，就传命在朝班中逮捕于谦。石亨、徐有贞给于谦定下的罪名是迎立外藩、图谋不轨，论刑当凌迟处死，籍没家产。石亨以前曾经是于谦的部下，经过于谦的推荐，进而成为大将，在北京保卫战中立有功勋，也是于谦以谦让为本，让石亨独得封侯之赏，石亨转而推举于谦的儿子为副千户，于谦以朝廷礼制不合拒绝，深为石亨所恨。
此外，石亨多行不法，被于谦参劾，怀恨在心；徐有贞本名徐珵，曾经力主迁都，遭到群臣和景泰的呵斥，此后，他求于谦帮忙复官，于谦知道徐有贞还是小有才干，所以，代为上表，哪知道，景泰深恨徐有贞其人，坚决不许，徐有贞见此以为于谦不为自己出力，深恨之，后来，他又求陈循，陈循劝他改名，这才改名徐有贞。
英宗此时倒是比较倾向于不杀于谦，他说："于谦实有功。"不忍心杀害功在社稷之人。可是，徐有贞、石亨等人马上把当年英宗蒙尘的时候，于谦主张立景泰的故事说出来，而且，进一步阐明："不杀于谦，此举为无名！"意思就是说，如果不杀于谦，你就是得位不正，没有合法性。这样英宗才下决心杀于谦。后来，经过群臣力争，开恩改为斩首。
于谦和王文被捕以后，在狱中受到酷刑的审讯，王文受刑不过，为自己辩护，于谦朗然笑道："亨等意耳，辩何益？"大义凛然。明英宗、徐有贞、石亨这些刽子手对于谦抄家的时候，才发现"家无余资，独正室鐍钥甚固。启视，则上赐蟒衣、剑器也。"他们都大惊失色。
于谦临刑的时候，据史料记载："死之日，阴霾四合，天下冤之。""京郊妇孺，无不泣洒"，当时的民谣唱道："鷺鸶水上走，哪里觅鱼嗛（于谦）。"锦衣卫指挥鞑靼人朵儿是太监曹吉祥的门生，他不畏死，亲临刑场为于谦哭祭，遭到曹吉祥的痛打，朵儿不怕，第二天仍旧坚持去，曹某也没办法了；宦官裴某协助于谦少子于广逃往民间隐居；指挥同知陈逵感于谦的冤枉，不顾个人生死，亲自收敛于谦的遗骸；兵部侍郎吴宁是于谦的部下，为于谦亲自选定女婿，后来安葬于谦。这些忠义的举动都说明公道自在人心，不是杀戮能够灭绝的！
于谦死后，归葬西湖，后人有诗：有赖岳于双少保，人间始觉重西湖！南明抗清名将张煌言也说："日月双悬于氏墓，乾坤半壁岳家祠。"后人以无比崇敬的心情缅怀这位抗击侵略者，在民族、国家危难的时候，挺身而出的民族英雄！
特别值得一提的是于谦的公而忘私的大义风格和品格：据浙江人屠隆记载，于谦事前知道石亨等人的密谋，那时候，军队都在于谦的掌握之中，于谦只要一声号令，徐有贞、石亨顿时化为乌有，可是，于谦说："顾念身一举事，家门可保，而两宫不全；身死则祸止一身，而两宫得全。"功则归人，祸则归己，大公忘私，大义凛然！
