元君庙墓地的年代和所属文化范畴大体一致，墓区分为甲、乙两部分，合葬墓多见，上述事实清楚反映当时存在部落、氏族和亲族的社会结构。
元君庙甲、乙墓区同时期的死者被葬在各自的墓区。葬在甲、乙墓区的死者生前分别属于由不同血缘纽带维系的氏族。通常，凡是存在氏族的地方必定会有部落。元君庙的两个氏族应属互婚关系，进而联合成部落，自在情理之中。两个氏族的墓地毗邻，二者亦当属近亲范畴，很可能是自同一母亲氏族内分离出的两个女儿氏族。
元君庙墓地中，有28座合葬墓。在18座长辈带着晚辈的合葬墓中，3座墓是成年妇女与小孩的合葬墓，15座是异性成年与小孩的合葬墓。大多数合葬墓内的成年人中，既有女性，也有男性。由此可以推断，元君庙氏族存在着小于氏族的亲族单位。以合葬墓为代表的小于氏族的亲族，由不同辈份的成员组成，有的甚至还可以确指至少包含三代人。
亲族成员之间的关系较氏族成员之间的关系更为密切。所以，他们不仅葬于氏族的墓区，还合葬于同一墓穴。
已经确定的18座长辈连带晚辈的不同辈份成员的合葬墓，占元君庙部落墓地查明性别、年龄的25座合葬墓的72%，也相当于全部28座合葬墓的64.3%。由此可见，不同辈份成员合葬墓是元君庙部落的通行葬制。可知亲族已成为氏族内普遍存在的基层组织单位。元君庙墓地的同性成年人和小孩合葬墓，以及包括异性成年不同辈份的合葬墓，清楚反映亲族的世系是按女方计算的。
墓420，是母亲和她的两个女孩的合葬墓。两女孩分别随葬骨笄、骨珠和蚌饰。母亲死在两女儿之后，入葬之时，特地将女儿骨殖迁出，使母女3人合穴。这座合葬墓明确显示，子女随从母亲。生前如此，死后也是如此。
墓457，合葬3人。一个30—35岁成年女性为一次葬，一个15—17岁年轻女子及另一个30—35岁成年女性皆为二次葬。一次葬的成年女性随葬4件钵和弦纹罐、绳纹罐、小口尖底瓶各1件。二次葬的成年女性随葬3件钵和1件碗，还有骨笄、骨珠、骨针、蚌刀各1件。年轻女子的随葬品最少，只有1件钵。这是两个女性长辈和她们的同性晚辈合葬墓。两个女性长辈的身份均高于年轻女子。据对元君庙194个体的人骨鉴定，20—40岁之间死亡的人最多，计106人，占统计总数的54.6%强。只有25人能活到40—50岁，仅占总数的12.8%。当时没有一个人能活到60岁。老年人见多识广，深知本族的习俗和传统，又具有丰富的生活经验和生产知识，对亲族的贡献很大，非诸多早逝者可比，自然在亲族中占有较高地位。
墓穴结构的差异，随葬品的多寡，也反映妇女和老年男子社会地位高于一般男子。
元君庙墓葬，皆为土坑竖穴墓，结构一般比较简单。但墓457，具有二层台。墓内埋葬两个成年妇女和一个年轻女子。
墓429，是一座用红烧土块铺砌墓底的土坑竖穴墓。内葬两个少女，其中一人前额涂有大片红色颜料，其耳旁头顶处发现骨珠785颗。
墓458，也是一座带二层台的土坑竖穴墓。二层台上铺砌石块，环绕墓主人，形若石椁。内葬一位50岁左右男性老人。
这3座结构特殊的墓葬，墓主人为女性，或男性老人，当不是偶然的现象，它反映妇女和老年男性的社会地位较高。
元君庙墓地埋葬的妇女拥有的随葬品普遍多于男性。女性单人墓及母子合葬墓共10座，随葬3件陶器的墓仅一座，只占总数的1/10；随葬6件或更多陶器的墓有9座，所占比例高达9/10。男性单人墓及合葬墓10座，随葬6件陶器以上的墓只有4座，占总数的4/10；随葬6件以下陶器的墓6座，占总数的6/10。在女性单人墓及母子合葬墓中，有两座墓的随葬品在12件以上，墓420更多，达21件。而男性单人葬及合葬墓中，却没有一座墓随葬陶器超过12件。而且还有两座墓的随葬陶器不足3件。显而易见，这是女性社会地位一般高于男性的反映。
墓458，墓主人是一位年龄50岁左右的男性老人，随葬陶器6件。墓449，两位墓主人也是50岁左右的男性老者，随葬陶器6件。男性单人墓和男性合葬墓随葬陶器一般较少，个别随葬陶器较多的墓葬，墓主人又是老年男性，恰好反映男性老人居尊的地位。
某些女孩获得成人待遇，也说明妇女的地位较高。佩饰骨笄、骨珠是成年女性的装束。但是，墓405内，一个10岁左右的女孩，随葬骨笄、骨珠及蚌刀；墓429内，一个10岁左右的女孩随葬骨珠，并与另一女孩享受铺砌红烧土墓底的成人待遇；墓420的两个女孩也都在10岁左右，亦随葬骨笄、骨珠和蚌饰。半坡遗址，墓152的女孩随葬品非常丰富，计陶器6件，包括3件钵，2件罐和1件小口尖底瓶；石珠69颗，石球3个和1件玉石耳坠。钵内有粟粒遗痕。不仅如此，墓内还设置木板制作的葬具。陕西宝鸡北首岭仰韶文化墓地⑿也有为女孩随葬骨珠的实例。但是元君庙、半坡和北首岭三处，均未见男孩按成人待遇随葬的例证。可见，女孩受到成人待遇并非偶然，它清楚反映，在母系氏族社会时期，存在着重女轻男的习俗。永宁纳西族女子不出嫁，因为她们是传宗续代的根种，还能经常招引外氏族男子为自己的氏族劳动。这当是母系氏族社会重女轻男的深刻的社会根源。考古发掘所获的确凿资料使这一观点得到充分印证。
元君庙两个氏族墓地共存于整个部落墓地之中，埋葬习俗也大体相同，这表明两个氏族的信仰、文化、生活方式都是相同的，氏族联盟——部落的结合也是十分牢固的。
