文化知识的积累，也使郑成功轻而易举地判断出，只要郑军利用闽中地利上的优势，倾尽全力层层抵御，在全国各大战场上正穷于应付的清军，自然也没有足够的兵力，闯过福建的道道险关。他甚至精确地判断出清廷诱骗郑芝龙的真实用心。在郑芝龙前往清营之际，他牵住了父亲的衣襟，跪哭着劝说：“夫虎不可离山，鱼不可脱渊;离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”可见，他为挽救郑氏集团及其领袖郑芝龙，尽了最大的努力。可郑芝龙一意孤行，他下令弃守仙霞关，放清兵一路轻松入闽。后又不听劝阻，亲自赶赴清营投诚，结果被清军扣押，他的掌权福建的美梦终于化作了泡影，并由此而开始了长达15年的软禁生涯，直到1661年被斩首于北京。
郑芝龙自投罗网后，旗下的总兵十员，兵将十一万三千余人全部解甲降清。清兵轻而易举地占领了福建大部分地区。郑成功拒绝听从父命，带了一支数量不多的军队前往金门，走上了重建郑家军的道路。同年11月30日，清军背信弃义，攻入了郑芝龙的老家安平镇，大肆烧杀淫掠，郑成功的生母田川氏恰好居住在此，她躲避不及，惨遭清兵奸污，愤而自缢身亡。清兵退去后，郑成功才率军赶回安平。见此奇耻大辱，成功大怒，竟然做出了“剖开母亲的肚子，取出子宫清洗，洗毕重新放入腹中，然后厚葬其生母”的出格举动。从此，郑成功决意“招兵买马”，开始了长期的抗清生涯。
郑芝龙自寻死路，肇因于急功近利的海盗思维，加之文化层次太低，缺乏分析判断形势的能力，更要命的是他还一意孤行，不听良言，以致于一生心血，毁于一旦，同时还将福建的大量要塞拱手送于清兵，此举大大增加了日后郑成功在闽地抗清的难度。郑成功只能在海上与清军周旋，登陆后常遭到拥有陆战优势的清军围攻，即是他父亲的“短视与苟且”造成的恶果。那么，深具文化修养的郑成功，能否挽回父亲一手导致的不利局面呢?
可惜的是，他虽有这方面的能力，却最终没有如愿。他颇有战略眼光，但“家庭影响”制约了他人格的发展——西方心理分析学家阿德勒认为，一个人在生命开初的若干年，会在心灵和肉体之间建立起最根本的关系，从而发展出一套独特而固定的行为模式、生活样式，并产生相对应的情绪和行为习惯，而这样的生活样式及情绪、习惯几乎会贯穿于其一生的所有表现中。
洵非虚言，正是这一原因，使郑成功一生都摆脱不了海盗思维、浪人性格。他的这两大致命缺陷，表现在日后——那就是只为了维护自身的利益而抗清，对于全国范围内的其他抗清势力只作声援，不予配合，这种“隔岸观火”、“不以大局为重”的取向，阻碍了反清势力的战略联动，不能让清军腹背受敌，顾此失彼。各路清军能拧成一股绳，全力打击抗清势力，而各股抗清势力却貌合神离，终于被清军各个击破。郑成功在东南沿海难以立足，被迫东渡攻台，实为咎由自取。此外，从他以变态的手段对待母亲遗体的行为来看，也可以发现，他的血液中依然流淌着日本浪人的那种残忍暴戾、易走极端的冥顽因子，这也正是他无法避免“自食苦果、自掘坟墓、自毁长城、众叛亲离”的悲剧命运的一个重要原因。
