还有一部分明朝宗室成员，则被迫投降了清朝，接受满人的统治，以使家族免遭绝嗣断代之劫。前期投降清朝的有潞王朱常(氵+芳)，其后裔不明。最后也是最大一批投降清朝的是逃到台湾的那一批。当年国姓爷郑成功父子收复台湾后，优礼宗室，所以1661——1663年间，有大批宗室成员渡海来到台湾。如1663年，辽藩长阳郡王之子宁靖王朱术桂保护鲁监国朱以海妃陈氏及遗腹子朱弘桓东渡至台湾。此间来台湾避难的还有泸溪郡王朱慈(火+著)、泸溪郡府将军朱慈某、奉新郡府将军朱慈(火+广)、奉南郡王朱和睦、益王朱怡镐、舒成郡王朱慈(火+喜)、乐安郡王朱义浚、巴东郡王朱尊(氵+柬)。这些宗室皇子王孙们受到郑氏父子礼遇，在台湾留居几十年。但到康熙二十二年(公元1683年)，清朝施琅攻陷台湾，郑氏政权降清，逃到这里的明朝宗室大都被俘，被迫投降，接受满清统治。据说当年施琅来到台湾，立即收缴这些皇族宗室的谱牒和印信。清王朝至此一统全国，大局稳固，便假示宽仁，没有再杀害这批明朝宗室遗民，而是将他们强迫内迁大陆，安置于山东、河南等郡县。这部分宗室后裔因此能够传递下来。
在台湾失陷时，宁靖王朱术桂不忍做亡国奴，上吊自杀殉国。他没生子，以比他低一辈的益王朱怡镐之子为嗣，取名朱俨珍，当年才七岁。据史书记载，这位朱俨珍被强迁回到大陆后，于1693年被清王朝安置在河南开封府杞县，后裔遂居于此。
又据资料表明，宁藩的一部分宗室后裔，明亡后仍留居江西，直到今天，仍是江西朱氏中的重要一支。这支家族在清末民国时还续修了《江西八支朱氏宗谱》，至今仍保存在江西省博物馆。另湖北沔阳一带，今天也有明朝宗室后裔存在。
每当朝代鼎革时，新建的王朝总要铲除前朝皇族。但没有哪一个政权像满清王朝一样，因为自己是异族入侵，做贼心虚，对明朝宗室怕得要命，所以清初对明宗实行血腥的屠杀政策。这给凤阳朱氏带来了比明末农民起义更残酷、更可怕的灾难。直到康熙时期(公元1662--1722年)，情况才稍有变化。
康熙七年(公元1668年)，清圣祖爱新觉罗·玄烨才下了这样一道圣旨：“诏故明宗室子孙众多，有窜伏山林者，令悉归田里；有改姓埋名者，姓氏皆复旧。”康熙二十三年(公元1684年)、三十八年(公元1699年)，康熙帝南巡时，又两次到南京拜祭明开国皇帝朱元璋的葬的孝陵，并下令求访明朝后裔，使奉守朱氏世祀。但因无法访察，没有结果。再到雍正二年(公元1724年)，清世宗胤禛正式访查出明宗室后裔朱之琏，封为一等侯，入正白旗令世袭，以奉明孝陵的春秋祀事(这样，明皇族后裔又有一支加入满族)。至此，明宗室后裔才结束逃亡生活，恢复了普通平民的身份。
