1955年3月，潘汉年随上海代表团到北京出席中共全国代表会议。在通报“高岗、饶漱石反党联盟”的问题后，毛泽东敦促历史上有其它问题的人从速交待。会议还专门印发了逮捕胡均鹤和将杨帆隔离审查的材料。这使潘汉年坐卧不安：杨帆是自己分管的公安局局长，胡均鹤更与自己有说不清的关系。有理由相信，当年在南京擅自见汪一事已为中央知晓，毛泽东的讲话可能是对自己在旁敲侧击。
1955年4月1日夜间，为争取主动，潘汉年向陈毅交待了当年在南京见汪一事。4月2日上午，陈毅向毛泽东报告。时隔19年，毛泽东第二次对潘汉年下了“不能信用”的断语。
毛泽东对潘汉年第一次下“不能信用”的断语是1936年8月，其时潘汉年带密码从莫斯科归来，迟迟不去延安报到。毛泽东对此很恼火，当时就对周恩来说：“潘汉年这个人不知轻重，这么重要的密电码放在脑子里九个月，不积极返回中央根据地，把密码交给机要处后再去办别的事，却让我们在这里急等，耽误了大事，这样的人‘不可信用’。”
1955年4月3日，罗瑞卿带人秘密逮捕了潘汉年。
这一次，毛泽东亲自为潘汉年辟谣，后却得知潘欺骗了他，毛泽东的愤怒可想而知。
1963年1月9日，最高法院开庭，潘汉年认罪，被判有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。一个月后，他被假释出狱，与妻子董慧一同被安置在北京的团河农场，每个月有200元的生活费，肉、蛋都有供应。虽说头上戴着“反革命”帽子，他仍有一定自由活动的天地，可以进城探亲访友。因不知道毛泽东有“此人从此不能信用”的批示，潘汉年甚至还向组织申请去香港继续为党工作。
1967年，文革进入高潮，潘汉年再次入狱。1970年，被改判无期徒刑。
1977年4月，潘汉年在长沙病亡，享年71岁。
