执行机关
六部（吏、户、礼、兵、刑、工）为清朝最高执行机关，各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年（1644年）规定尚书及侍郎满、汉各一。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
清朝前期重要官员
刑律
顺治四年（1647年）《大清律例》编修完成。《大清律》基本上承袭《明律》的内容。后经康熙、雍正两朝屡次增删，并于雍正五年公布。但清朝最经常起作用的是例，而不是律。胡林翼说：“《大清律》易遵，而例难尽悉。”胥吏都谙熟例案，常可执例以压制长官。《大清律》还表现出民族歧视和压迫的特色。满人、汉人在法律上不平等。清廷对各少数民族地区还有各种特订的法律，如蒙古族有“蒙古律例”，维吾尔族有“回律”，藏族有“番律”等等，以加强对各少数民族人民的统治。
光绪三十三年修订法律馆“专以模范列强”为宗旨，制定大清新刑律草案。草案分总则、分则两编，主刑、从刑两类；并制定了有关国交、选举、交通、通讯等方面的犯罪条款，确立了缓刑、假释的制度。在新刑律颁行前,修订法律馆删修大清律例,以《大清现行刑律》作为过渡，于宣统二年颁行。现行刑律颁行不久，清朝即覆灭，现行刑律中的民事条款被中华民国时期北洋政府所援用。
文字狱
清朝皇帝为打压汉人反清复明运动与防止散播不利皇帝的消息，屡兴文字狱以控制士大夫的思想。文字狱之案件常是无中生有，小人造谣所为。较大规模的文字狱甚至可以牵连成千上万人受害。柳诒徵称：“前代文人受祸之烈，殆未有若清代者。故雍乾以来，志节之士，荡然无存。……稍一不慎，祸且不测。”。顺治四年（1647年），发生第一起文字狱“函可案”。一位法号函可的和尚因藏有“逆书”《变记》而被逮捕，后来流放到渖阳。顺治末年又发生庄廷鑨明史案，并惊动朝廷中的辅政大臣鰲拜等人。清朝诸例文字狱中，有名的有康熙时期的南山案、雍正时期的查嗣庭试题案和吕留良案等。
