南明与明郑
参见：清军入关、南明、满清大屠杀、明郑时期、郑成功收复台湾、清收复台湾之战
北京沦陷后，史可法等人在南京拥立福王朱由崧，建立弘光政权，即弘光帝，弘光帝死后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。而两个南明政权为争夺正统地位互相攻伐。1651年在舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。隆武帝屡议出师北伐，因得不到郑芝龙的支持而无疾而终。1646年，清军攻占浙江与福建，鲁王逃亡海外，隆武帝于汀州逃往江西时被俘，绝食殉国，郑芝龙向清军投降，然而由于其子郑成功反清而被清廷囚禁。朱聿键之弟朱聿鐭在广州受苏观生及顾元镜拥立，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。
在台湾抗清的郑成功
1646年永历政权获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支持下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后反正，如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，一时之间南明收服华南各省。然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广东等地。两年后，李定国、孙可望与郑成功发动第二次反攻，其中郑成功一度包围南京，但最后因内部孙可望叛变及反清势力鞭长莫及与之间的貌合神离最终导致节节败退。1661年清军三路攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后于8月12日发动咒水之难，杀尽朱由榔侍从近卫，朱由榔最后被吴三桂所杀，南明亡。
李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始攻打，到1664年首领李来亨被杀而亡。郑成功在南京之战失败后退回金厦，于1661年率军攻占荷兰占据的台湾，定都东宁。其子郑经曾参与三藩之乱，率军参与反攻失利。1683年，康熙帝命施琅进攻明郑。施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成战略威胁，最终郑克塽剃发降清，明朝宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，最后一股抗清势力覆灭。
