1206年成吉思汗统一漠北诸部，于斡难河（鄂嫩河）建立大蒙古国。当时蒙古的宗主国为金国，金国与西夏走向衰落，蒙古先后攻打西夏与金国，并分别于1227年和1234年攻灭西夏和金国，占领中国华北。在西方，蒙古先后发动三次西征，使蒙古人称霸欧亚大陆。
1259年元宪宗蒙哥于征伐宋战争去世后，领有汉地的四弟忽必烈与受漠北蒙古贵族拥护的七弟阿里不哥为了争夺汗位而发生战争，最后于1264年由忽必烈获胜。忽必烈于1271年改国号为大元，建立元朝，即元世祖。这场战争让蒙古四大汗国先后脱离与大汗忽必烈的关系，直到元成宗时期才承认元帝为大汗。1276年元朝攻灭南宋征服全中国地区，使中国陷入异族的统治之下。元世祖到元武宗期间是元朝国力鼎盛时期，军事上平定西北，但在征伐日本、东南亚诸国却屡次失利，其中在元日战争战败。中期皇位频繁更迭，政治始终没有上轨道。元惠宗晚期，由于怠于政事、滥发纸币导致通货膨胀、为了治理泛滥的黄河又加重徭役，最后导致1351年爆发元末民变。1368年朱元璋建立明朝后，派徐达北伐攻陷元朝的首都大都（北京）。元廷退居漠北，史称北元。1402年元臣鬼力赤篡位，停用大元国号，复称大蒙古国。
