蒙古帝国九白纹章
蒙古军队的对外战争具有征服性质，为了减少蒙古军队的伤亡，加快战争的进度，蒙古军队在战争期间对敌人采取了残酷而野蛮的政策。向蒙古军队投降的地区遭受的破坏相对较小，而大量敢于英勇反抗的地区破城之后人口被屠杀和奴役，无数财产被掠夺损毁。这一系列的征服战争给包括中国在内的欧亚大陆众多古老文明带来了巨大的破坏，众多民族受到了残酷而不公正的民族压迫，难以记数的人口和财产在战火和随后的瘟疫、饥荒及自然灾害中损失，对战火涂炭地区而言也是少有的黑暗时期。
蒙古汗国大汗蒙哥于1259年在四川攻打合州时暴死，终年52岁。1259年11月，阿里不哥在宗王等大多数蒙古正统派的支持下于蒙古帝国首都哈拉和林通过“忽里勒台”大会即大汗位。与此同时，忽必烈与南宋议和后返回开平府。1260年3月，忽必烈在汉人地主阶级及部分蒙古宗王的支持下称大汗；4月，忽必烈设立中书省，总管国家政务；5月，忽必烈颁布《即位诏》法令，并建元中统。引起了阿里不哥和蒙古正统派的强烈不满，阿里不哥与忽必烈随即展开了四年的汗位战争。
1264年阿里不哥战败，忽必烈夺得蒙古汗国的最高统治权。忽必烈推行的“行汉法”主张，明显违背了蒙古传统，造成许多蒙古贵族的不满，拒绝归附忽必烈汗国，结果导致其他几个蒙古汗国纷纷敌对。这场内战让四大汗国先后脱离独立，直到元成宗时期才承认元朝为宗主国。
