从靖康之变后到蒙古时期,由于频繁的战争和暴政,加上频繁的自然灾害,导致人民生活贫苦,疾病流行,使得医学十分活跃,被称为称为新学肇兴。金朝时期发展出刘完素的火热说、张从正的攻邪说与李东垣的脾胃说。由于实践的丰富,不少医家深入研究古代的医学经典,结合各自的临床经验,自成一说,来解释前人的理论,逐渐形成了不同的流派。刘完素开创了河间学派、张元素开创了易水学派,张元素的弟子李东垣又自创了脾胃学说,这三家与元朝朱震亨的养阴说合称金元四大家,对中医理论的发展产生重要的影响。
当时数学最重要的进展是天元术的发展,天元术即是古代中国建立高次方程的方法,其中“天元”相当于未知数。1248年金元时期的数学家李冶在其著作《测圆海镜》、《益古演段》中,系统地介绍了用天元术建立二次方程。金廷学习北宋建立司天监以观测天文,当时的数学也十分发达,使得金朝士人热中编写历书。金廷于1137年颁布杨级编写的《大明历》(与祖冲之的《大明历》不同)。而后赵知微于1180年修编成较精确的《重修大明历》,其精确度超过宋朝优越的历法《纪元历》。同时间耶律履也编出《乙未历》,然而精确度不如《重修大明历》。