文化
经由魏晋时儒学独尊的地位被破除后，到了南北朝时期的思想已经形成多元化的思想。在诸多的思想流派中，出现了以法治国、务实求治的主张和“无君论”等有价值的观点，也产生了消极颓废、遁世游仙的思想，影响最大的是玄学思想。
南北朝时代，在思想文化领域出现了不同于两晋时期的新形势，玄学思潮归于沉寂，佛道二教继续发展。佛教大量译经，广泛流行，渗透到政治、经济、社会、民俗及文化的各个层面。儒学面临严峻挑战。由于佛教的急剧膨胀，使原来儒、玄、佛、道的相互关系及其历史格局发生新的变化。儒家学者在思想、文化上的批评焦点，由老庄玄学转向佛教，出现了大批反佛思想家。
南北朝玉器
文学
南北朝时期的文学发展迅速，其中南朝风格偏向华丽纤巧，而北朝风格偏向豪放粗犷。南朝文学代表是骈文，讲究格律、词藻、用典，内容多脱离实际生活，抒发一些富贵闲愁，以庾信、应扬的文章为代表。而北朝代表人物是北地三才，即邢邵、魏收、温子升。叙事长诗以南朝的《孔雀东南飞》和北朝的《木兰诗》为代表。民歌方面，由与南北文化不同，呈现出不同的色彩和情调。《乐府诗集》即有“豔曲兴於南朝，胡音生於北俗”的说法。
在文学研究方面，刘勰的《文心雕龙》成为中国第一部系统文艺理论巨著。南朝梁武帝的长子萧统组织文人编选的《昭明文选》是中国现存的最早一部诗文总集。这两部巨著都对后来中国文学的发展产生了深远影响。同时，道教影响了中国艺术及科学。例如《游仙诗》等文学，描述神仙飘逸之妙或藉由神仙之说抒发情怀。道教名士陶弘景、陆修静均擅长神仙文学 。
史学
南北朝继承了汉代以来设官修史之制。宋设著作官（宋齐梁陈时官名及分职屡有更改），负责撰修国史（本王朝史）及帝王起居注。齐始有国史与前朝史之分。北魏亦设著作官及起居令史，使修史官与起居官逐渐分职。北齐始设史馆（或称史阁），为专门修史机构，影响中国日后的官方修史制度。西魏、北周亦设著作官制度。南北诸朝又有大臣监修史书[88] 。此外，南朝梁时始行编修武帝、梁元帝的“实录”，是为唐代开始一朝接一朝修实录的滥觞 。
纪传体断代史书在南北朝史学仍占一席位。官修的有如沈约《宋书》、萧子显《齐书》、魏收《魏书》，私修的有如范晔《后汉书》。
南北朝书法
反映社会各种状况的史书，亦在南北朝盛行。如范晔《后汉书》、沈约《宋书》当中新增“独行”、“逸民”（或“隐逸”）、“列女”等类传记各种人物面貌；宗教史籍有慧皎《高僧传》；记述寺院建筑的有杨炫之《洛阳伽蓝记》；地理类著作方面，以郦道元《水经注》为南北朝集大成之作 。少数民族历史亦因五胡各族建割据政权而深受重视，成就较高的有崔鸿《十六国春秋》 。
谱学（或叫谱牒学、家谱学）在南北朝门阀政治影响下而大盛一时。各豪族郡望为求巩固社会地位和政治权利，乃撰修家牒，以彰显自身血统、门第及婚宦。继家谱出现后，又有了家谱学的研究，当时便出现“统谱”、“百家谱”等书籍 。
南北朝的注史之学，具代表性的有如裴松之《三国志注》。裴注着重资料搜集、补充史事，不再局限于对音训及解释史文，对中国的注史方法产生有相当影响。裴松之对史料相互考异，日后史家有所继承，如司马光撰《资治通鉴考异》。裴注里又有对前代史家的评论，这推动了中国史学批评的发展。
