宗教
“六道轮回”，与“因果报应”的佛教学说抚慰当时的人心。两晋时期，宗教以佛教、道教为主，但佛教的势力较道教强盛。关于佛道冲突，江南道教附儒，玄佛合流，分成两个集团，仅清谈争辩，未涉及政治权力，与北方不同。
达摩
佛教于东汉即传入中国，当时儒教兴盛，人民安定，所以少有发展。两晋时期战乱年年，豪族欺压百姓。儒教衰落，思想空虚。以致人人厌苦、家家思乱、精神缺乏寄托。由于佛教所主张的“神不灭论”、“因果报应”及“六道轮回”抚慰人心。佛教就藉由深邃的义理，逐渐在中国盛行。但对于佛学内容陆续仍有争论。东晋后期，庾冰、桓玄与名僧慧远为沙门是否敬王者（行跪礼）发生争论。后来南朝梁范缜还提出《神灭论》及“偶然论”以反驳佛理“神不灭论”与“因果报应”。
当时东晋流行清谈，于是僧侣就藉由清谈将佛理传播给士大夫，使佛教得以在南方传播。其中以支道林最擅长谈玄。南北佛教到后来形成不同学风，北方重行业，崇尚禅学、律学及净土信仰。南方重义理、注重在涅盘佛性的探讨。东晋晚期时，慧远擅长儒学，力谋佛、玄、儒融合，促使佛教中国化，最后成为净土宗的祖师之一。慧远还提倡译经，与北方名僧鸠摩罗什交流译本。法显是中国首位西行求法的僧侣，他于399年自长安出发，经西域抵北天竺、狮子国及中天竺。取得梵本戒律后，414年经海路返抵建康。他与名僧大量翻译经文，并将旅途见闻写成‘佛国记’，成为研究西域及印度史地的重要作品。
龙虎山，建有正一观，为五斗米道的发祥地之一。
慧远
道教方面，早在三国西晋时期，就出现太平道及五斗米道。后来五斗米道发展成天师道，并分成利用符水治病的符水派；信奉金丹经、房中术的金丹派；主张无为自然，似道家的清静派[86]。五胡乱华后，由于百姓遭受战乱及豪族欺压，纷纷信道教。民间信仰道教者大幅成长，以三吴内地及东南沿海居多。侨姓及吴姓世族也纷纷信仰，如王羲之即为五斗米道世家。后来孙恩、卢循号招五斗米道信徒叛乱，晋廷经数十年方镇压。东晋初期，道教的架构、章法尚未形成，直到东晋中期发生改革，才形成组织化的宗教体制。当时北方道教注重功德及道规，南方则注重经法及义理。受到佛教散播的刺激，道教加速吸取儒玄思想，丰富本身理论。炼丹术盛行，深化相关理论。
东晋时，葛洪结合神仙学说与道术理论，并加入炼丹等理论，整合道教理论。他所著的《抱朴子》，外篇论时局与道德，内篇则论道家学论和炼丹、养生之道。杨羲、许谧及许翙着《上清经》，最后发展成上清派，主张简化修行力法，贬斥房中术，以存神为主。葛洪孙葛巢甫又着《灵宝经》，后来也发展成灵宝派。该派以符箓科教为主，受到上清派影响，也提倡简化修行、“仙道贵生，无量度人”。道教对文学、艺术多有贡献。例如描述神仙之游的《游仙诗》，历代道教的神仙画。道教的炼丹及养生术包含了化学、医学、生物学等，对科技的发展具有贡献。
